ロジ・ターミナル

一般的かどうか？というご質問への回答は「レアケースです」となります。
その倉庫会社はすべての取引先に保証金差入を求めているのでしょうか？
相手先によって保証金の有無が変わるなら、業種業態か貴社自体に与信上の不安を抱いているのかもしれません。単刀直入に質問してみてはいかがでしょう。
そもそもが倉庫の寄託（委託）料金は前払いが基本なのですが、現状としては圧倒的に〆払いが多くなっています。
〆後1か月以内の支払い、手形はコンプライアンス上廃止・銀行振込のみ、という内容での取引が大多数です。